Předmět Základy bioinformatiky (MB150P88)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB150P88 - Základy bioinformatiky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Cílem předmětu je poskytnout přehled o základních bioinformatických metodách, které lze použít v každodení vědecké práci. Jde o velmi prakticky zaměřený kurz, který kombinuje přednášky, cvičení a aktivní práci s literaturou za účelem seznámení se s dostupnými bioinformatickými možnostmi. Nejde tedy primárně o kurz pro budoucí bioinformatiky, ale spíše pro biology, chemiky, kteří mohou narazit při svém výzkumu na potřebu analyzovat a srovnávat svůj protein, gen, organismus s dalšími daty.
Sylabus
1) Úvod do bioinformatiky, přehled metod2) Data - jak se generují? (genomika, rentgenová krystalografie, čipy)3) Data - kde se dají nalézt? (databáze)4) Sekvenční alignment - algoritmy, použití5) Vyhledávání podobných sekvenci - BLAST, PSI-Blast6) Strukturní alignment - algoritmy, použití7) Analýza proteinových struktur8) Predikce 3D struktur proteinů9) Homologní modelování a predikce interakce ligand-receptor10) Predikce genů11) Fylogeneze12) Analýza dat z "microarray" čipů
Literatura
Lesk, A. (2005): Introduction to bioinformatics, Oxford University Press, USA; 2 edition, 378 pp.Zvelebil & Baum (2008): Understending bioinformatics, Garland Science, USA, 772 pp.Baxevanis, A.D. & Ouellette B. F. F. (2004): Bioinformatics: Practical guide to the analysis of genes and proteins, Wiley-Interscience; 3 edition, 560 pp.Bourne, P.E. & Weissig, H. (2003): Structural bioinformatics, Wiley-Liss, 649 pp.
Požadavky
K získání kreditů za Základy bioinformatiky je třeba:1) Podat odpovědi na otázky ze všech cvičení2) Ve spolupráci s dalším studentem napsat krátkou řešerši významného bioinformatického článku. Za článek se udělují body, které jsou součástí finálního hodnocení3) Získat alespoň 50% bodů ze závěrečné písemné zkoušky, kde musí student zodpovědět na položené otázky (tedy nikoliv test). Písemná zkouška trvá 2,5 - 3,5 hodiny.
Garant
Mgr. Marian Novotný, Ph.D.