Předmět UNIX a práce s genomickými daty (MB170C47)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB170C47 - UNIX a práce s genomickými daty, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
I. Introduction to Unix - Learn about the Unix philosophy.II. Basic Unix - Learn to use the basic commands (cd, ls, ll, mkdir, mv, cp, pwd, htop, screen, grep, globbing, less, head, tail, cat, cut, sort, uniq, paste, join, pipes).III. Advanced Unix - Learn basics of awk, sed, regular expressions, shell scripting, shell variables, parallel, subshells.IV. Introduction to Genomics - Learn how ‘genomes’ are made.V. Data visualization - Learn how to format your data for effective visualization and how to use RStudio, tidyr, dplyr and ggplot2 to explore your data visually.VI. Read quality assessment - Learn how to use Unix to explore FASTQ files, calculate some basic statistics, assess read quality, filter out low-quality reads.VII. Genome assembly - Learn how to do a (small) genome assembly.VIII. Variant calling - Learn how to use the original NGS reads and a genome assembly to call variants.IX. Standard annotation formats - Learn how information on genes, variants and genome properties is stored (GFF, VCF, BED formats) and how to obtain quick summaries with impressive speed (bedtools, vcftools, etc.)X. A lot of practice.
Garant
Mgr. Václav Janoušek
Vyučující
Mgr. Václav JanoušekMgr. Libor Mořkovský