Předmět Molekulární ekologie (MB170P111)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB170P111 - Molekulární ekologie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

Molekulární ekologie živočichů - osnova1. Co je a co není molekulární ekologie?Vymezení oboru, překryv s jinými obory, stručná historie2. Hlavní používané terénní a laboratorní metodySběr a uchování vzorků, metody zjišťování genetického polymorfismu u volně žijících živočichů (sekvence, mikrosatelity, alozymy, AFLP a další)3. Evoluce mikrosatelitů, výhody sekvenačních dat a mikrosatelitů oproti dřívějším metodámProč je tak moc alel? Mutační rychlost, typy mutací, opravné mechanismy, teoretické mutační modely4. Identifikace kryptických druhů, hybridů a pohlaví pomocí molekulárních metodFixovaný polymorfismus, CHD geny u ptáků, chromosom Y u savců5. Určení otce, matky nebo obou dvou. Minimální počet rodičů vrhu nebo snůškyKlasický fingerprinting, mikrosatelity, spolehlivost analýzy, jednoduché vyloučení, categorical x fractional likelihood, přehled dostupných programů6. Populační genetika: studium populační struktury, genetické diversity a inbreedinguDůsledky Hardy-Weinbergova pravidla, změny alelických frekvencí (mutace, migrace, selekce, velikost populace, genetický drift), Wahlundův princip, F-statistika, fixační indexy, AMOVA, koalescenční přístup, příklady s využitím dostupných programů7. Fylogeografie: genetická historie rozšíření druhuVýhody mitochondriální DNA, refugia a kolonizační cesty8. Hybridní zóny, využití molekulárních znaků ke studiu fitness u volně žijících živočichůKonstrukce kliny, selekce proti hybridům, rozdíly v chování různých částí genomu9. Geny a chování - příklady funkčních genů a jejich význam v ekologiiImunogenetika (imunokompetence, variabilita a analýza MHC systému), geny a komunikace (MHC - výběr partnera, MUPs, ABP) 10. Ochranářská genetikaOdhady Ne, bottleneck, fragmentace populací11. Genetická historie člověkaAfrický versus multiregionální model, Gene Trees, genetická diversita v Africe, DNA neandrtálců, genetické vzdálenosti mezi populacemi

Literatura

Avise, 2000: Phylogeography: the history and formation of species. Avise, 2004: Molecular Markers, Natural History, and Evolution, Second EditionArnold, 1997: Natural hybridization and evolution.Balding, Bishop & Cannings (eds.), 2003: Handbook of statistical genetics, second edition.Beebe & Rowe, 2004: An introduction to molecular ecology.Hartl, 1999: A primer on population genetics.Hartl & Clark, 1997: Principles of population genetics, third edition.Zima a spol. 2004, Genetické metody v zoologii.

Požadavky

Zkouška je ústní. Otázky a podrobnosti zkoušení lze nalézt na:http://web.natur.cuni.cz/~muncling/MEZ_UVOD.htmKe studiu je vhodná doporučená literatura a vědomosti z přednášek.Zápočet je formou testu - vyřešením praktických úloh na počítači.

Garant

doc. Mgr. Pavel Munclinger, Ph.D.