Předmět Proteomika (MB170P112)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu MB170P112 - Proteomika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze (UK).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI. Úvod do proteomiky. Co je to proteomika? Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny a pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody -chromatografické a elektroforetické.DVOJROZMĚRNÁ ELEKTROFORÉZA. Metodika dvojrozměrné elektroforézy (2-DE). Uspořádání 2-DE experimentů, příprava vzorků, izoelektrická fokusace, PAGE, detekce bílkovin v gelech, barvení. Metodické varianty (nativní elektroforézy, DIGE a fluorescenční barvení). Vyhodnocení a interpretace 2-DE, obrazová analýza 2-DE gelů. Reproducibilita. Principy, software, metodika, výstupy, záludnosti. Omezení, limity a použití 2D elektroforézy. Příprava vzorku pro identifikaci hmotnostní spektrometrií po 2-DE. Tryptická digesce vzorku, digesce CNBr, extrakce peptidů a jejich purifikace. HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE BÍLKOVIN.Hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, MALDI, SELDI, ESI, analyzátory, detektory, spektra, citlivost, rozlišení, identifikace peptidů, peptidový fingerprint, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze.SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTITATIVNÍ MS.Shot-gun strategie v proteomice, jedno- a vícerozměrné separace peptidů, LC-MS/MS. Kvantitativní metody v proteomice: iCAT, iTRAQ, SILAC, AQUA, digesce ve stabilním izotopu. Label-free metody kvantifikace. Proteomická analýza membránových proteinů. Příkladové studie.NATIVNÍ METODY, ANALÝZA KOMPLEXŮ A DALŠÍ METODY.Nativní separační techniky. Analýza proteinových komplexů. TAP. QUICK. Protein arrays, MALDI-imaging, klinická proteomika, profilování tělních tekutin a tkání, biomarkery, deplece majoritních bílkovin. Organizace proteomiky, literatura, časopisy.

Literatura

Kompletní výukové materiály z přednášek, ale i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://patofyziologie.lf1.cuni.cz/proteomikaJedná se například o následující tituly:Učebnice/Monografie:R. K. Scopes: Protein purification. Prinicples and Practise, Springer Verlag, ISBN-10: 0387940723 | ISBN-13: 978-0387940724J. Reinders, A. Sickman: Proteomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). Humana Press ISBN-10: 1607611562 | ISBN-13: 978-1607611561H. Rehm: Protein Biochemistry and Proteomics. Academic Press. ISBN-10: 012088545X | ISBN-13: 978-0120885459Odborné články:Gorg A et al. Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics, Proteomics, 2004, 4, 3665-3685B. Domon and R. Aebersol: Mass Spectrometry and Protein Analysis, Science 312, 212 (2006) I. Miller et al. Protein stains for proteomic applications: Which, when, why? Proteomics 2006, 6, 5385-5408J.W. Gouw et al. et al. Quantitative proteomics by metabolic labeling of model organisms. Mol Cell Proteomics. 2010 Jan;9(1):11-24.Cravatt BF, et al. The biological impact of mass-spectrometry-based proteomics. Nature. 2007 Dec 13;450(7172):991-1000.Speers AE, Wu CC. Proteomics of integral membrane proteins--theory and application. Chem Rev. 2007 Aug;107(8):3687-714.Wittig I, Schägger H. Native electrophoretic techniques to identify protein-protein interactions. Proteomics. 2009 Dec;9(23):5214-23.Zhu W, Smith JW, Huang CM. Mass spectrometry-based label-free quantitative proteomics. J Biomed Biotechnol. 2010;2010:840518.Bantscheff M, Schirle M, Sweetman G, Rick J, Kuster B. Quantitative mass spectrometry in proteomics: a critical review. Anal Bioanal Chem. 2007 Oct;389(4):1017-31.Thingholm TE, Jensen ON, Larsen MR. Analytical strategies for phosphoproteomics. Proteomics. 2009 Mar;9(6):1451-68.

Požadavky

Zkouška je ústní. Součástí zkoušky je písemná esej, která řeší biologický problém pomocí proteomických přístupů.

Garant

doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D.

Vyučující

doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.