Předmět Hmotnostní spektrometrie biopolymerů (ACH / HSB)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu ACH / HSB - Hmotnostní spektrometrie biopolymerů, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Předmět je určen zejména studentům analytické chemie, organické chemie, biochemie, mikrobiologie a genetiky a ukazuje moderní aplikace biologické hmotnostní spektrometrie posledních cca tří-pěti let v oblasti proteomiky, genomiky, metabonomiky a glykomiky. Část předmětu je interaktivní a zahrnuje i praktické měření na spektrometrech, de novo interpretace spekter a použití bioinformatiky. Pro úspěšné absolvování předmětu není předchozí znalost oboru nutná. Přehled probírané látky (bude doplňován podle nejnovějších literárních výsledků):Možnosti hmotnostní spektrometrie v analýze biopolymerů, historie a současný stav. Základní principy interpretace konvenčních a kolizních hmotnostních spekter: nízkomolekulární organika, metoda per analogiam, interpretace spekter biopolymerů.Standardní iontové zdroje využívané v analýze biopolymerů (ESI a MALDI), nevakuové techniky (DESI, DAPCI, JeDI, DART, DAPPI, EESI, DAPPI). Vysoce rozlišující analyzátory pro biomolekuly (cyklotron, orbitrap a UHR-TOF): principy, spektra, aplikace. Iontová mobilita. Miniaturizace spektrometrů. Kolizí indukovaná disociace a nejdůležitější aktivační techniky pro biopolymery (ECD, ETD).Analýza peptidů a proteinů, příprava vzorků, určení molekulové hmotnosti, dekonvoluce, fragmentace peptidů, mapování peptidů, studium posttranslačních modifikací, konformace proteinů, molekulárních interakcí, proteomika, databáze proteinů a vyhledávání v nich. Kvantifikace bílkovin. MS3D přístupy: vodík-deuteriová výměna a chemické zesíťování. Proteinové čipy. Posttranslační modifikace. Analýza nebílkovinných biomolekul, praktické aspekty, analýza nukleotidů, nukleosidů, sacharidů a glykolipidů.Zobrazovací hmotnostní spektrometrie a její aplikace v medicíně. Metabolomika a proteomika v diagnostice infekčních a nádorových onemocnění. Analýza lipidů.Praktické cvičení: měření na iontovém cyklotronu, na MALDI-TOF/TOF, ukázka NMR a elektronové mikroskopie. měřit vlastní vzorky (je dobré předem odevzdat).

Získané způsobilosti

Vysvětlit principy, interpretovat problém v oblasti struktury biopolymerů, popsat řešení s využitím hmotnostní spektrometrie

Literatura

1. Barker J.: Mass Spectrometry, Wiley, Chichester, 1999. 2. Cole, R. B. (editor): Electrospray ionization mass spectrometry, Wiley, Chichester, 1997. 3. Holčapek M. (editor): Spojení vysokoúčinné kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie, Spektroskopická společnost Jana Marca Marci a Univerzita Pardubice, Pardubice, 2001. 4. Kinter M., Sherman N. E.: Protein Sequencing and identification using tandem mass spectrometry, John Wiley and sons, New York, 2000. 5. Snyder A.P.: Interpreting protein mass spectra, American Chemical Society and Oxford University Press, Washington D.C., 2000. 2. Cole, R. B. (editor): Electrospray ionization mass spectrometry, Wiley Chichester, 1997. 3. Holčapek M. (editor): Spojení vysokoúčinné kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie, Spektroskopická společnost Jana Marca Marci a Univerzita Pardubice, Pardubice, 2001. 4. Kinter M., Sherman N. E.: Protein Sequencing and identification using tandem mass spectrometry, John Wiley and Sons, New York, 2000. 5.Snyder A.P.: Interpreting protein mass spectra, American Chemical Society and Oxford University Press, Washington D.C., 2000. 6. P. Skládal a L. Macholán: Biosensory - Současný stav a perspektivy, Chem. Listy 91; 105-113 (1997). 7. Jegorov A, Hajduch M, Sulc M, Havlicek V. Nonribosomal cyclic peptides: specific markers of fungal infections. J. Mass Spectrom. 2006; 41: 563. 8. International Journal of Mass Spectrometry, Special Issue on Imaging Mass Spectrometry, Vol. 260, 2007.

Požadavky

Student ovládá základní pojmy hmotnostní spektrometrie. Během kolokvia student vyjadřuje svůj názor na instrumentální přístupy, přípravu vzorku a navrhuje obecné MS strategie pro určení neznámé struktury. Interpretuje zadaná konvenční i kolizní MS spektra.

Garant

prof. Ing. Vladimír Havlíček, Dr.

Vyučující

prof. Ing. Vladimír Havlíček, Dr.prof. Ing. Vladimír Havlíček, Dr.