Předmět Molekulární ekologie mikroorganizmů (EKO / MEM)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu EKO / MEM - Molekulární ekologie mikroorganizmů, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Úvod do problematiky, vysvětlení základních pojmů v ekologii a molekulární biologii. Přínos molekulární biologie pro výzkum ekologických vztahů mezi mikroorganizmy a jejich prostředím. Metody extrakce DNA/RNA z environmentálních vzorků, PCR a RT-PCR a aplikace v mikrobiální ekologii. Sekvenační analýza, fylogetická analýza, význam 16S rRNA pro systematiku prokaryot. DNA fingerprinting mikrobiální komunity, DGGE, TGGE, T-RFLP, AFLP. Klonování genů. Hybridizace nukleových kyselin a její aplikace v mikrobiální ekologii (FISH, microarrays). Mikrobiální ekologie a genomika, metagenomické knihovny nekultivovatelných organizmů. Bioinformatika a webové databáze v mikrobiální ekologii.

Získané způsobilosti

Na konci kurzu se očekává, že student bude:- mít hlubší znalosti o výskytu, diverzitě a roli mikroorganismů v přírodním prostředí - vědět o možnostech využití molekulárních metod v ekologii mikroorganismů- schopen interpretovat výsledky různých studií, zaměřených na detekci mikroorganismů pomocí molekulárních metod

Literatura

Madigan MT, Martinko JM (2006). Brock biology of microorganisms, 11th ed. (nebo pozdější vydání). Pearson Education, Inc., Upper Saddle River, NJ. Brown TA (2007). Klonování a analýza DNA. Univerzita Palackého v Olomouci, 389 pp.. ISBN 978-80-244-1719-6.Osborn M, Smith C (2005)(eds). Molecular microbial ecology. Taylor & Francis, New York, NY. Oren A, Papke RT (2010). Molecular phylogeny of microorganisms. Caister Academic Press, Norfolk, UK. De Bruijn FJ (ed). Handbook of molecular microbial ecology I: Metogenomics and complementary approaches. New Jersey, 2011. ISBN 978-0-470-64479-9.De Bruijn FJ (ed). Handbook of molecular microbial ecology II: Metogenomics in different habitats. 2011. ISBN 978-0-470-64719-6.Rulík M, Buriánková I, Brablcová L. Vybrané kapitoly z molekulární ekologie mikroorganizmů. Olomouc, 2015. ISBN 978-80-244-4642-4.

Požadavky

Ústní zkouška.

Garant

doc. RNDr. Martin Rulík, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Iva Buriánková, Ph.D.doc. RNDr. Martin Rulík, Ph.D.