Předmět Bioinformatika (KBB / BINF)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBB / BINF - Bioinformatika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Přednáška:Úvod do bioinformatiky. Informační zdroje, biologické databáze (primární, sekundární, specializované DB). Sekvencování a základní používané strategie. Párové sekvenční srovnávání, prohledávání databází. Mnohočetné porovnávání sekvencí. Globální a lokální porovnávání. Skórovací matrice. Dynamický, heuristický a statistický přístup (PSSM, HMM). Predikce genů, strategie ab initio, vyhledávání homologie a jejich kombinace. Analýza RNA. Analýza a predikce struktury proteinů. Molekulární fylogenetika, konstrukce fylogenetických stromů. Analýza genomů.Seminář:Seminář: databáze(GenBank/NCBI, DDBJ, EBI, ENTREZ), vyhledávání homologie (BLAST, FASTA, T-COFFEE), párové porovnávání, mnohočetné porovnávání, fylogenetická analýza (CLUSTAL, MEGA, PAUP). Specializovaný software.
Získané způsobilosti
Po absolvování kurzu je student schopen:- Definovat informační zdroje, biologické databáze. - Vysvětlit postupy sekvencování a základní používané strategie zpracování sekvenčních dat. - Vysvětlit postupy predikce genů, strategie ab initio, vyhledávání homologie a jejich kombinace. - Popsat postupy analýzy RNA, analýzy a predikce struktury proteinů. - Vysvětlit postupy molekulární fylogenetiky, konstrukce fylogenetických stromů. - Popsat analýzy genomů.
Literatura
Rashidi, H.H., Buehler, L.K. Bioinformatics Basics. CRC Press, Boca Raton, 2000. Mount D.V. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. New York, 2004. ISBN 0879697121.Jin Xiong. Essential Bioinformatics. Cambridge, 2006. NCBI. Cvrčková F. Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha, 2006.
Požadavky
účast na seminářích, vypracování praktických úloh, test
Garant
Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.
Vyučující
prof. Ing. Milada Bocáková, Ph.D.Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.