Předmět Analýza sekvencí DNA (KBC / ASDNA)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBC / ASDNA - Analýza sekvencí DNA, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Nukleové kyseliny a jejich struktura. Databáze sekvencí, porovnávání sekvencí, mnohonásobné porovnávání, nástroje pro základní analýzy. Metody sekvenování, určování bazí (base calling), chyby v sekvencích DNA. Uchovávání DNA sekvencí, formáty, jejich převod. Možnosti a přístupy k sekvenování genomu. Skládání sekvencí DNA, algoritmy založené na grafech, postup překryv/rozvržení/konsensus, de Bruijnovy grafy, základní assemblery. Vizualizace poskládané sekvence. Anotace genomu, repetitivní DNA, geny, automatická anotace, ruční editace, nástroje a formáty pro anotování genomu. Vizualizace celých genomů, databáze pro uchovávání sekvencí celých genomů, GMOD, GBrowse. Porovnávání sekvencí na úrovni celých genomů. Resekvenování, skládání krátkých čtení na referenčních sekvenci. Variabilita genomu v rámci populace. Identifikace polymorfismů v sekvencích DNA, změny počtu kopií, strukturní varianty, jednonukleotidové polymorfismy.
Získané způsobilosti
Po absolvování kurzu by student měl být schopen:- sestavit a anotovat sekvence pocházející z eukaryotických genomů- porovnávat sekvence na úrovni dlouhých kontigů (? Mb)- skládat sekvenační čtení na referenční sekvenci a identifikovat polymorfismy DNA
Literatura
Mount D.V. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. New York, 2004. ISBN 0879697121.Cvrčková, F. Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha, 2006.
Požadavky
písemný test - 75% správně zodpovězených otázek; 80% účast na seminářích; vypracování seminárního projektu.
Garant
Mgr. Jan Bartoš, Ph.D.