Předmět Cvičení z proteomiky (KBC / CPR)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBC / CPR - Cvičení z proteomiky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
1) Příprava buněčného lyzátu (Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli, Yarrowia lipolytica), spektrofotometrická kvantifikace proteinů, solubilizace proteinů2) Rehydratace IPG stripů, 1. rozměr dvojrozměrné elektroforézy (isoelektrická fokusace)3) Ekvilibrování IPG stripů, 2. rozměr dvojrozměrné elektroforézy (SDS-PAGE), barvení proteinů v gelu koloidní Coomassie modří4) Skenování gelu, analýza obrazu (software ImageMaster)5) Vyřezání skvrn, proces redukce a alkylace vzorku, proteolytické štěpení vzorku v gelu a roztoku6) Odsolování peptidových vzorků, peptidové mapování na hmotnostním spektrometru MALDI-TOF, počítačová predikce štěpení proteinů (program Protein Cutter, program PeptideMass)7) Separace peptidových a glykopeptidových vzorků pomocí mikrogradientového zařízení na kapilární koloně s obrácenou fází, zpracování spekter pomocí software mMass8) Měření tandemových hmotnostních spekter peptidů a glykopeptidů na přístroji MALDI-TOF/TOF9) LC-MALDI analýza komplexního proteinového vzorku10) Měření MALDI-TOF proteinových profilů intaktních mikroorganismů, použití programu Biospean11) Kvantifikace proteinového vzorku s použitím isotopového značení 18O
Získané způsobilosti
Studenti získají základní znalosti o metodice separace komplexních proteinových vzorků, přípravě proteinových digestů, identifikaci a kvantifikaci proteinů cestou MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie peptidů. Budou seznámeni i s měřením proteinových profilů intaktních mikroorganismů pro biotypizaci.
Literatura
Link, Andrew J., LaBaer, Joshua. Proteomics. A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual. CSH Press, Cold Spring Harbor, New York, 2009.
Požadavky
Přednáška je doplněna seminářem, kde se řeší úkoly pod dohledem vyučujícího, dále domácími úkoly a požadavkem na splnění samostatného bioinformatického projektu. Studenti musí na semináři úspěšně absolvovat i dva písemné zkušební testy (60% bodů).
Garant
prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.
Vyučující
Mgr. Jana BeinhauerMgr. Jiří DanihlíkMgr. Vojtěch Franc, Ph.D.Mgr. Ivo Chamrád, Ph.D.prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.