Předmět Molekulární fylogenetika (KBC / MFYL)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBC / MFYL - Molekulární fylogenetika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Typy dat používaných v molekulární fylogenetice - RFLP, AFLP, SSR genotypování a sekvenační data. Co je to fylogenetický strom - vysvětlení základních termínů, znaková a distanční data. Získávání a analýza sekvenačních dat - metody mnohonásobného porovnávání (multiple alignment). Modely evoluce DNA a výběr vhodného modelu - ModelTest a jModelTest. Distanční metody fylogenetické analýzy - UPGMA, NJ, Fitch-Margoliash, metoda minimální evoluce. Metoda maximální parsimonie a metoda maximální věrohodnosti - princip a rozdíly. Princip Bayesienovské metody stanovení fylogenetických vztahů - Mr Bayes, BEAST. Fylogenetická analýza sekvencí proteinů - rRNA sekvence, "universal tree of life", sekundární struktury a jejich využití ve fylogenetice. Analýza kódujících sekvencí DNA - struktura genů, orthologní, paralogní a xenologní sekvence a jejich vliv na výsledek fylogenetické analýzy. Testování fylogenetických stromů - jackknife, bootstrap, délka vnitřních větví, Bremerův index. Datování fylogenetických stromů. Další metody analýzy dat - fylogenetické sítě (princip metody a analýza dat pomocí Splits Tree). Alignmet-free metody v molekulární fylogenetice - princip a použití. Analýza fragmentačních dat - SSR genotypování.
Získané způsobilosti
Po absolvování kurzu by student měl být schopen:- analyzovat genetickou diverzitu fragmentačních dat - analýzy sekvenačních data metodou mnohonásobného porovnávání (multiple alignment)- analyzovat fylogenetické vztahy studovaných zástupců na úrovni DNA sekvencí a proteinů
Literatura
Felsenstein, J. Inferring Phylogenies. Nei, M., Kumar, S. Molecular Evolution and Phylogenetics. Hall, B.G. Phylogenetic Trees Made Easy: A How To Manual. Salemi, M. and Vandamme, A.M. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing. Cambridge University Press, 2003.
Požadavky
Písemný test - 75% správně zodpovězených otázek; 80% účast na seminářích; vypracování seminárního projektu.
Garant
Mgr. Eva Hřibová, Ph.D.