Předmět Proteomika (KBC / PGSB5)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBC / PGSB5 - Proteomika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Úvod do proteomiky. Základní pojmy z oblasti separace proteinů (elektroforéza, chromatografie), hmotnostní spektrometrie, zpracování obrazu (imaging), využívání genových a proteinových databází. Význam expresní, diferenční a funkční proteomiky. Technologie proteomiky, aplikace. Identifikace a charakterizace proteinů v proteomice. Částečná separace proteinových směsí (konvenční chromatografie, afinitní chromatografie, preparativní elektroforéza). Jednorozměrná (1-D) elektroforéza - SDS/PAGE. Dvojrozměrná (2-D) elektroforéza. Příprava vzorku. První dimenze, isoelektrická fokusace (IEF). Amfolyty, trubičkové IEF gely. Proužky s imobilizovaným pH gradientem (IPG strips). Metodika a instrumentace IEF separace. Barvení IPG stripů. Druhá dimenze, SDS/PAGE. Složení pufrů. Příprava gelů. Instrumentace SDS/PAGE separace (horizontální a vertikální aparatury). Barvení proteinů v SDS/PAGE gelech, kompatibilita barvení a hmotnostní spektrometrie. Fluorescenční barvení gelů. Analýza obrazu, denzitometr, software pro vyhodnocení 2-D gelů. Srovnávání dvou a více 2-D gelů, diference. Vyřezávání (excize) proteinových spotů. Elektroeluce. Chemické a enzymové štěpení proteinů v gelu. Štěpení v roztoku. Obecné principy hmotnostní spektrometrie. Ionizační techniky využívané v proteomice. Ionizace elektrosprejem (ESI), ionizace s účastí matrice (MALDI). Iontové analyzátory, kvadrupól (Q), iontová past (IT), analyzátor doby letu (TOF), reflektron. Tandemová hmotnostní spektrometrie (MS/MS) a její instrumentace. Technika MALDI-TOF post source decay (PSD). Peptidové mapování (peptide mass fingerprinting), sekvenční analýza peptidů (de novo sequencing). Identifikace proteinů vyhledáváním v databázích. Vyhledávací programy Mascot, Sequest a Protein Prospector. Organismy s nesekvenovaným genomem, EST databáze, program MS Blast. Multidimenzionální LC-MS/MS. Afinitní chromatografie a LC-MS/MS. Kvantitativní analýza v proteomice. Metody H2O18, ICAT, SILAC, AQUA. Shotgun proteomics, nástroj pro analýzu komplexních proteinových směsí. SELDI MS, klinická proteomika.
Získané způsobilosti
Vyložit aktuální novinky v proteomice, porovnat metody, zvolit vhodnou metodu pro daný účel.
Literatura
Westermeier, R., Naven, T. Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis. Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2002. ISBN 3-527-30354-5.
Požadavky
předpokláda se schopnost vést vědeckou diskuzi v širších souvislostech celého oboru.
Garant
prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.
Vyučující
prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.