Předmět Proteomika (KBC / PROT)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBC / PROT - Proteomika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Úvod do proteomiky. Pojem proteom. Základní pojmy z oblasti separace a analýzy proteinů. Odvětví proteomiky. Význam expresní, diferenční a funkční proteomiky. Částečná separace proteinových směsí. Konvenční chromatografie, afinitní chromatografie, preparativní elektroforéza. Jednorozměrná (1D) elektroforéza - SDS/PAGE. Dvojrozměrná (2D) elektroforéza. Příprava vzorku. První dimenze - isoelektrická fokusace (IEF). Amfolyty, trubičkové IEF gely. Proužky s imobilizovaným pH gradientem ("IPG stripy"). Metodika a instrumentace IEF separace. Reversibilní barvení IPG stripů. Druhá dimenze - SDS/PAGE. Složení pufrů. Příprava gelů. Instrumentace SDS/PAGE (horizontální a vertikální aparatury). Barvení proteinů v SDS/PAGE gelech, kompatibilita barvení a hmotnostní spektrometrie. Fluorescenční barvení gelů. Analýza obrazu ("imaging"), denzitometrie, software pro vyhodnocení 2D gelů. Srovnávání dvou a více 2D gelů, diferenční analýza. Metoda DIGE. Vyřezávání (excize) proteinových spotů. Elektroeluce. Chemické a enzymové štěpení proteinů. Štěpení v gelu. Enzymový reaktor, štěpení na membráně. Obecné principy hmotnostní spektrometrie. Ionizační techniky využívané v proteomice. Ionizace elektrosprejem (ESI), laserová ionizace s účastí matrice (MALDI). Hmotnostní analyzátory, kvadrupól (Q), iontová past (IT), analyzátor doby letu (TOF), reflektron, iontová cyklotronová resonance s Fourierovou transformací (FT-ICR) Tandemová hmotnostní spektrometrie (MS/MS). Hybridní přístroje. Fingerprinting peptidových hmotností (peptide mass fingerprinting, PMF), de novo sekvencování peptidů. Sekvenční analýza metodou post source decay (PSD). Identifikace proteinů vyhledáváním v databázích. Vyhledávací programy pro PMF a MS/MS. Organismy s nesekvenovaným genomem, EST databáze, program MS Blast. LC-MS/MS peptidů. Shotgun proteomika - nástroj pro analýzu komplexních proteinových směsí. Multidimenzionální kapalinová chromatografie (LC) a kapilární elektroforéza (CE). Kombinace LC-LC, LC-CE, CE-CE. Technologie MuD-PIT. Posttranslační modifikace (PTM). Afinitní chromatografie fosfopeptidů. Hmotnostní spektrometrie fosfopeptidů a glykopeptidů. Kvantitativní analýza v proteomice: Metody H2O18, ICAT, SILAC, AQUA. Klinická proteomika. Biomarkery. Proteinové čipy. SELDI MS. Přečištění vzorku na afinitních materiálech. MALDI imaging. Charakterizace mikroorganismů hmotnostní spektrometrií.

Získané způsobilosti

Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní metody užívané v proteomice.

Literatura

WESTERMEIER, R. Electrophoresis in Practice, Wiley-VCH, Weinheim, 2001. HILLENKAMP, F., PETER-KATALINIC, J. MALDI MS: A Practical Guide to Instrumentation, Methods and Application, Wiley-VCH, Weinheim, 2007. TRAMONTANO, A. Protein Structure Prediction, Wiley-VCH, Weinheim, 2006. Westermeier, R., Naven, T. Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis. Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2002. ISBN 3-527-30354-5.

Požadavky

Úspěšné složení písemné zkoušky - získání alespoň 60% bodů.Hodnocení:20 - 18 b. A (1)18 - 16.b B (1-2)16 - 14 b. C (2)14 - 12 b. D (2-3)12 - 10 b. E (3)

Garant

prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.

Vyučující

Mgr. René Lenobel, Ph.D.RNDr. Pavel Řehulka, Ph.D.prof. Mgr. Marek Šebela, Dr.