Předmět Biof. nukleových kys. a jejich interakcí (KBF / BNKI)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KBF / BNKI - Biof. nukleových kys. a jejich interakcí, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1. ÚvodVymezení obsahu a definice molekulárníbiofyziky.Mezimolekulární síly.Termodynamika přeměn v biologických systémech - stručný přehled.2. Struktura monomerních složek nukleových kyselinBáze, tautomerie bází, ionizace bází, donorové a akceptorové skupiny vodíkových vazeb bází.Posttranskripčně kovalentní modifikace bází.Konformace anti a syn, C3'-endo C2'- endo, torsní úhly . a . nukleosidů a nukleotidů, konvence číslování atomů v nukleotidech.3. Primární a sekundární struktura DNADefinice primární a sekundární struktury DNA.Watson-Crickovy a neobvyklé vodíkové vazby.Konce řetězců DNA 5' a 3'.Malý a velký žlábek.Roll, slide, tilt, shift, twist, rise, propeller twist.Vlastnosti kanonických forem DNA: A-, B-a Z-DNA.4. Stabilita dvojité šroubovice DNAFaktory ovlivňující stabilitu dvoušroubovice DNA.Denaturace DNA.Měření stability dvojité šroubovice DNA, hypochromní a hyperchromní efekt.5. Metody analýzy nukleových kyselinGelová elektroforéza, cirkulární a lineární dichroismus, Ramanova spektroskopie, elektrochemická analýza, mikrokalorimetrie, termoforéza, NMR spektroskopie.6. Kruhová DNATopologie molekul DNA, nadšroubovicové vinutí, topologická parametry, hustota a volná energie nadšroubovicového vinutí.7. Neobvyklé strukturyTriplexy, kvadruplexy (telomery), adeninový zip, intrekalovaná DNA, palindromy, vlásenky, trojcestné a čtyřcestné rozhraní (křížové struktury), výdutě v DNA (DNA bulges).Ohnutá DNA, persistentní délka.8. Interakce DNAInterakce DNA s bílkovinami.Interakce DNA s malými molekulami biomedicínského významu.Poškození DNA fyzikálními a chemickými faktory.9. Enzymy ovlivňující vlastnosti DNAEndonuklázy, exonukleázy, restrikční endinukleázy, DNA ligázy, topoisomerázy, telomeráza.10. Replikace DNADNA polymerázy, DNA helikázy.11. Oprava poškození DNABázová excisní oprava.Nukleotidová excisní opravaOprava nesprávného párování bází.Opravy dvouřetězcových zlomů v DNA homologní rekombinací a nehomologním spojením koncůTolerantní opravy.12. Struktura a vlastnosti chromatinuStruktura prokaryontního a eukaryontního genomu.Heterochromatin, euchromatin.Organizace chromozomů, nukleozomy, histony a nehistonové proteiny.Mitochondriální genom.13. "Svět RNA"Typy RNA a struktura.Transkripce a translace.Viroidy a virusoidy.Katalytická aktivita nukleových kyselin - ribozymy a deoxyribozymy.Interference pomocí RNA (RNAi).Molekulární evoluce a "svět RNA".14. Aptamery a jejich uplatnění v medicíně a dalších biomedicínských oborech.

Získané způsobilosti

Předmět zaměřený na získání znalostí.Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy, prokázat teoretické znalosti pro řešení modelových problémů.

Literatura

Šípal Z., Anzenbacher P., Peč P., Pospíšil J., Růžička I. Biochemie. SPN, Praha, 1992. Sinden, R.R., Richard, R. DNA structure and function. San Diego: Academic Press, 1994. ISBN 0-12-645750-6.Lewin, B. Genes V. Oxford University Press, 1994. Watson, J.D., Hopkins, N.H., Roberts, J.W., Argetsinger Steitz, J., Weiner, A.M. Molecular biology of the gene. The Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc., 1997. Blackburn, M.G., Gait, M.J., Loakes, D., Williams, D.M. Nucleic Acids in Chemistry and Biology. 3rd Ed. Oxford: Oxford University Press, 2006. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure. Springer-Verlag New York Inc., 1984. Adams, R.L.P., Knowler, J.T., Leader D.P. The Biochemistry of Nucleic Acids. 10th edit. London: Chapman and Hall, 1986. Rosypal S. Úvod do molekulární biologie, I., II., III. a IV. díl. Brno, 1997. Alberts, B., a kol. Základy buněčné biologie. Espero Publishing, Ústí nad Labem, 2005.

Požadavky

Znalosti v rozsahu sylabu předmětu

Garant

prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc.prof. RNDr. Jana Kašpárková, Ph.D.

Vyučující

prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc.