Předmět Bioinformatika a výpočetní biologie (KFC / BIN)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / BIN - Bioinformatika a výpočetní biologie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází.V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému.1. Úvod do bioinformatiky2. Ukládání biologických sekvenčních dat3. Porovnávání sekvencí (alignment) - principy, programy a interpretace4. Molekulárně biologické databáze5. Predikce genů6. Fylogenetická analýza, evoluční stromy7. Úvod do systémové biologie8. Genomy9. Bioinformatické nástroje10.Statistický aparát bioinformatiky
Získané způsobilosti
Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy aplikované v bioinformatice
Literatura
VOET D., VOET J. G. Biochemie. Praha, 1995. Orengo CA., Jones DT., Thornton JM. (Eds.). Bioinformatics - Genes, Proteins and Computers. Bios Scientific Publishers Ltd., 2003. Claverie, J.M. Bioinformatics for Dummies. John Wiley & Sons; 2nd Edition edition, 2006. Leach A.R. Molecular modelling. Prentice Hall, London, 2001. Bourne P. & Helge W. (Eds.). Structural Bioinformatics. Wiley, 2003. Cvrčková, F. Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha, 2006.
Požadavky
Student musí prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím (2 otázky) a zároveň úspěšně vyřešit bioinformatickou úlohu při použití internetových zdrojů (1-2 stran dlouhá analýza).
Garant
RNDr. Karel Berka, Ph.D.
Vyučující
RNDr. Karel Berka, Ph.D.