Předmět Bioinformatika (KFC / BIOIN)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / BIOIN - Bioinformatika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Velké množství experimentálně stanovených struktur organických a biologických molekul je možné efektivně využívat jen studujeme-li je vhodnými nástroji. Mezi ty základní patří databáze molekulárních struktur a práci s databázemi od získávání strukturních dat a jejich dalšímu zpracování je kurs věnován. Výklad bude doplněn příklady analýzy strukturních dat nukleových kyselin z databasí.1. Úvod, problém proteinové bioinformatiky, vztah mezi strukturou a funkcí2. Základní stavební kameny proteinů, jejich fyzikálně a chemické vlastnosti, rotamerní knihovny, databáze interakcí3. Stabilizující interakce v proteinech, vodíkové můstky, iontové páry, vdW interakce, hydrofobní interakce a jejich popis4. Predikce lokálních strukturních motivů sekundární strukturní prvky, klíčové parametry, výskyt a metody5. Terciární struktura proteinů, proteinová architektura a topologie6. Evoluce proteinů7. Experimentální metody určování struktury, NMR vs X-ray, přesnost a rozlišovací schopnost8. Strukturální alignemnt, matice podobnosti, algoritmy superpozice, DALI, MAMMOTH9. Strukturální tzv. Fold motivy proteinů, metody jejich určování, kontaktní potenciál, threading10. Protein Folding a metody molekulární dynamiky, energie , enthalpie, gibbsova volná energie, povrchy potenciální energie11. De novo predikce struktur proteinů, metoda ROSETTA a energetická funkce pro de novo predikci12. Metody molekulárního modelování s vysokým rozlišením, vylepšování potenciálových funkcionálů, elektrostatika a solvatace, docking a design.
Získané způsobilosti
Definovat hlavní pojmy, popsat a stanovit strukturu organických a biologických molekul na základě databází.
Garant
Ing. Bohdan Schneider, CSc.
Vyučující
RNDr. Karel Berka, Ph.D.