Předmět Molekulární modelování (KFC / BMMO)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / BMMO - Molekulární modelování, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Cílem přednášky je seznámit studenty s moderním molekulovým modelováním. Nejprve jsou studenti seznámeni s grafickou prezentací molekul a popisem molekul z hlediska souřadného systému. Výklad se dále povrchně dotýká aparátu kvantové chemie a je dále soustředěn zejména na metody molekulové mechaniky. Dále je věnován výklad pojmu energetické hyperplochy a metodách jejího prozkoumávání. V závěru se soustředí výklad na molekulovou a Monte Carlo dynamiku, a návrh nových léčiv. V úplném závěru získají studenti přehled o dostupném software a zdrojích na Internetu. Výklad je doplněn řadou příkladů, které budou studenti řešit v nově budované počítačové učebně.1. popis molekuly v souřadném systému kartézské a vnitřní souřadnice, možnosti konverze, běžné typy datových souborů a jejich formáty2. zobrazení molekuly různé typy zobrazení molekul, povrchy molekul atp.3. kvantově chemické metody metody HF a poruchové a konfigurační příspěvky (MP, CI), metody DFT, semiempirické metody, lesk a bída kvantově-chemických metod4. molekulárně mechanické metody silové pole a jeho jednotlivé příspěvky; problémy elektrostatických a van der Waalsových příspěvků, možnosti a aplikace MM5. hyperplocha potenciální energie metody procházení energetických hyperploch, konformační prohledávání6. počítačové simulace výpočet termodynamických funkcí, praktické aspekty simulací, periodické boxy, dlouhodosahové síly7. metoda molekulové dynamiky klasická a kvantová molekulová dynamika, simulační protokoly, praktické možnosti nasazení metody8. metoda Monte Carlo Metropolisova metoda, praktické aplikace metody, srovnání s metodou MD9. drug design hledání farmakoforů, molekulové dokování, identifikace leading compounds, de novo drug design10. QSPR a QSAR metody úvod do problematiky kvantitativních vztahů mezi strukturou a reaktivitou (vlastnostmi, aktivitou atp.)11. software, hardware a zdroje na Internetu

Získané způsobilosti

Předmět zaměřený na získání znalostí.Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy, prokázat teoretické znalosti pro řešení modelových problémů.

Literatura

Clark T. A Handbook of Computational Chemistry. John Wiley & Sons, New York, 1985. Havlas , Z. Metody a aplikace teoretické chemie. ÚOCHB Praha, 1997. Burket U., Alinger N. Molecular Mechanics. ACS, Washington 1982, 1982.

Požadavky

Složení zkoušky

Garant

prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.

Vyučující

Piotr Blonski, Ph.D.prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.