Předmět Molekulární modelování (KFC / MOM)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / MOM - Molekulární modelování, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Přednáška se soustředí zejména na oblast empirických metod a jen okrajově se dotýká metod neempirických.1. popis molekuly v souřadném systému, vnitřní souřadnice, topologie molekuly2. principy molekulové mechaniky, harmonická aproximace, torzní termy, nekovalentní interakce a jejich popis empirickým potenciálem, koncepce parc. nábojů, RESP náboje, Ewaldova sumace, vdW interakce, LJ potenciál, cutoff, principy parametrizace3. běžná silová pole a jejich omezení (pole rodiny AMBER, CHARMM, OPLS-AA tec.)4. united atoms, coarse grained modely, CGFF-MARTINI5. klasická molekulová dynamika, PBC, termostat, barostat, podmínky, simulační protokoly, analýza - vývoj RMSD, Rg; esenciální dynamika6. modely vod, explicitní a implicitní (PB, GB)7. enzymová a RNA katalýza, definice katalytického účinku, zdroje katalýzy, RNA a DNA enzymy, hybridní metody QM/MM8. drug design, léčivo, návrh léčiv, testování a hodnocení léčiv, CADD, molekulové dokování, skórovací funkce, COMFA9. skládání proteinů a NK10. ukázky aplikací
Získané způsobilosti
Popsat a rozpoznat základní postupy a metody molekulového modelování
Literatura
Clark T. A Handbook of Computational Chemistry. John Wiley & Sons, New York, 1985. Havlas Z. Metody a aplikace teoretické chemie. ÚOCHB, Praha, 1997. Burket U., Alinger N. Molecular Mechanics. ACS, Washington 1982, 1982.
Požadavky
Student musí být schopen diskuse na uvedené téma (dvě otázky).
Garant
prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.
Vyučující
prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.