Předmět Molekulární modelování (KFC / MOMO)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / MOMO - Molekulární modelování, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Během semináře řeší studenti samostatně pod vedením instruktorů řadu praktických příkladů.I Teorie1 Co je výpočetní chemie?2 Metody výpočetní chemie (velmi stručný úvod)2.1 Ab initio výpočty2.2 Semiempirické metody2.3 Molekulová mechanika2.4 Molekulové simulace2.5 Statistická termodynamika (extrémně stručně)II Praktické úlohy3 Úvod do PES, formáty zápisu souřadnic systému (PDB, XYZ, Z-matice)4 Úlohy z kvantové chemie4.1 Stavba molekul4.2 Optimalizace vs. Single Point4.3 Sken povrchu potenciální energie4.4 Mezimolekulové komplexy4.5 Výpočet frekvencí a termodynamických veličin5 Úlohy z molekulové mechaniky5.1 Vliv solventu na strukturu peptidu5.2 Sken povrchu potenciální energie podle jednoho parametru - malé molekuly (HOOH, aceton, ...)5.3 Sken povrchu potenciální energie podle dvou parametrů (Ramachandran, peptidy)5.4 Rafinace struktury biomolekul - dostavení vodíků, jejich optimalizace, optimalizace postranních řetězců, constrain vs. restrain6 Úlohy z molekulové simulace6.1 Hledání globálního energetického minima organické molekuly6.2 Fluktuační veličiny - Cp boxu explicitních vod6.3 Krátká simulace molekulové dynamiky peptidu či proteinové domény7 Úlohy z bioinformatiky7.1 Databáze proteinů a nukleových kyselin RCSB7.2 Visual Molecular Dynamics7.3 PyMOL7.4 Přiřazení - párové, vícenásobné (podobnost peptidových sekvencí)7.5 Dostavování chybějících částí systému (proteiny i NA)8 Bimolekulární kanály8.1 MOLE
Získané způsobilosti
popsat a rozpoznat základní postupy a metody molekulového modelování
Literatura
Leszczynski J. (ed.). Computational Molecular Biology. Elsevier, Amsterdam, 1999. Skála L. Kvantová teorie molekul. Karolinum, Praha, 1994. Burket U., Alinger N. Molecular Mechanics. ACS, Washington 1982, 1982. Vinter J.G., Mark G. (eds.). Molecular Modelling and Drug Design. CRC Press, Boca Raton, 1994. Leach A.R. Molecular Modelling, Principles and Applications. Longman, Singapore, 1996. Rapaport D.C. The Art of Molecular Dynamics Simulation. Cambridge UP, Cambridge, 1995.
Požadavky
100% účast na cvičeních, prokázání schopnosti samostatně pracovat s vybraným chemickým software (v oblasti molekulového modelování)
Garant
prof. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.