Předmět Bioinformatika (KFC / PGSBI)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / PGSBI - Bioinformatika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Velké množství experimentálně stanovených struktur organických a biologických molekul je možné efektivně využívat jen studujeme-li je vhodnými nástroji. Mezi ty základní patří databáze molekulárních struktur a práci s databázemi od získávání strukturních dat a jejich dalšímu zpracování je kurs věnován. Důraz bude kladen na praktické použití všech tří databází na příkladech u terminálů. Probrány budou rovněž další, neméně důležité zdroje informací dostupné na webu, hlavně sekvenční database a jejich vztah ke strukturním databasím. Výklad bude doplněn příklady analýzy strukturních dat nukleových kyselin z databasí.1. Protein Data Bank (PDB) I: Anotace strukturních dat2. PDB II: Architektura database, hledání v databázi3. Problematika validace struktur, validace na webu4. Nucleic Structure Database (NDB)5. Cambridge Structural Database (CSD) I: Architektura, základy hledání6. CSD II: Složitější hledání7. Další významné zdroje informací na webu a jejich použití, sekvenční a publikační database8. Formáty souřadnicových souborů, příprava dat k dalšímu zpracování9. Základní statistické zpracování dat (průměry, hlavní komponenty, metody klastrování)10. Metoda Fourierovského průměrování (FT): Aplikace na solvataci DNA11. Aplikace FT na analýzu distribucí torsních úhlů: Konformační rodiny RNA
Získané způsobilosti
Hodnotit konkrétní metody a postupy, vysvětlit výsledky týkající se bioinformatiky
Literatura
Misener S.M., Krawetz S.A.). Bioinformatics: Methods and Protocols. Humana Press, Totowa, 2000. Krawetz, S.A., Woble, D.D. Introduction to Bioinformatics. A theoretical and Practical Approach. Humana Press, Totowa, New Jersey, 2003. Cvrčková, F. Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha, 2006.
Požadavky
Zkouška - schopnost diskuze na dané téma.
Garant
Ing. Bohdan Schneider, CSc.