Předmět Struktura a dynamika nukleových kyselin (KFC / SDNA)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KFC / SDNA - Struktura a dynamika nukleových kyselin, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Bude analyzována vzájemná souhra těchto příspěvků a identifikována jejich role v jednotlivých třídách nukleových kyselin. V přímé návaznosti na další přednášky budou okomentovány i základní úrovně popisu těchto interakcí od kvantové chemie až po empirické potenciály, s důrazem na specifické problémy studia fundamentálních aspektů nukleových kyselin. Budou probrány hlavní třídy molekul RNA a DNA, s důrazem na základní principy jejich formování, vztah mezi primární sekvencí, 3D strukturou a funkcí, a lokální i globální konfirmační variabilitou. Probraná tématika bude nakonec detailně demonstrována na analýze struktury a funkce ribosomů, jakož i dalších katalytických RNA molekul, a neobvyklých struktur DNA jako jsou guaninové kvadruplexy.1. Úloha nukleových kyselin v biologii.2. Vodíkově vázané páry bází.3. Nekanonické páry bází v RNA a DNA.4. Vertikální interakce a jejich vliv na stabilitu a lokální variace nukleových kyselin.5. Cukrfosfátová páteř.6. Interakce s okolím, ionty a voda.7. "Promiskuita" molekulárních interakcí v DNA a RNA, aneb, proč nemůžeme přenést mechanicky naše zkušenosti z jedné třídy molekul na jinou.8. Strukturní vlastnosti dvojšroubovice DNA ? o něco víc než pravidelná dvoujšrobovice, a jak ji ostatní molekuly čtou.9. Biologicky a farmakologicky významné nekanonické formy DNA.10. Struktura, organizace a funkce malých katalytických molekul RNA.11. Transferové RNA.12. Struktura, organizace a funkce velké ribosomální podjednotky: peptidyl transferase.13. Struktura, organizace a funkce malé ribosomální podjednotky: dekodování.14. Základní stavební jednotky a principy terciárních interakcí ve funkčních molekulách RNA - RNA jako jedno velké LEGO.15. Interakce ribosomu s antibiotiky a jejich interference s funkcí ribosomu.

Získané způsobilosti

Sdružovat informace, rozpoznat strukturní souvislosti u nukleových kyselin

Literatura

Voet D., Voeth J.G., Pratt C.V. Fundamentals of Biochemistry, Upgrade Edition. John Wiley and Sons, 2002. Bevilacqua P.C., Brown T.S., Nakano S., Yajima R. Catalytic roles for proton transfer and protonation in ribozymes. Biopolymers 73, 90-109, 2004. Ogle J.M., Carter A.P., Ramakrishnan V. Insights into the decoding mechanism from recent ribosome structures. Trends Biochem. Sci. 28, 259-266, 2003. Réblová K., Špačková N., Šponer J.E., Koča J., Šponer J. Molecular dynamics simulations of RNA kissing-loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets. Nucl. Acids. Res. 31, 6942-6952, 1, 2003. Moore P.B., Steitz T.A. The structural basis of large ribosomal subunit function. Rev. Biochem., 72, 813-850, 2003.

Garant

prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Vyučující

prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.