Předmět Úvod do bioinformatiky (KMI / UBI)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu KMI / UBI - Úvod do bioinformatiky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Kurz je úvodem do bioinformatiky. Zabývá se analýzou sekvencních dat,zejména DNA sekvencí. Soustredí se na jejíalgoritmické aspekty spíše než biologickou interpretaci.1. Úvod do bunecné biologieBunka a její stavba. DNA. Proteiny. Centrální dogmaVybrané bunecné mechanismy.2. Single alignment a algoritmy pro jeho výpocet.Evolucní základy sekvencního alignmentu. Dot matice.Globální a lokální alignment. Substitucní skóre asubstitucní matice. Gap penalties. Statistickáanalýza významnosti. Algoritmy založené na dynamickémprogramování. Algoritmy používané prí vyhledávání vdatabázích (FASTA, Blast).3. Multiple alignment a algoritmy pro jeho výpocet.Oblasti využití. Výpocet pomocí dynamického programovánía heuristických algoritmu.4. Vybrané partie z GenomikyGenome projekty. Sestavení DNA a úvod do algoritmu projeho výpocet. Struktura genu. Identifikace cástí DNAsekvence.5. Fylogenetika.Postup pri fylogenetické analýze. Fylogenetický strom,metody pro jeho sestavení.

Získané způsobilosti

Znalosti: Znalost základních pojmu z molekulární biologie a bioinformatiky,znalost algoritmu používaných v analýze sekvencních dat.

Literatura

Mount, D.W. Bioinformatics : sequence and genom analysis. Cold Spring Harbor, 2004. ISBN 0879696877.Claverie J.-M., Notredame C. Bioinformatics for dummies. Hoboken, 2007. ISBN 9780470089859.Keith J.M., Totowa, N. J. Bioinformatics. Volume I, Data, sequence analysis and evolution. Humana Press, 2008. ISBN 9781588297075.Lesk A.M. Introduction to bioinformatics. Oxford , 2005. ISBN 0199277877.

Požadavky

Aktivní účast v hodině. Plnění zadaných úkolů. Složení písemného testu.

Garant

Mgr. Petr Osička, Ph.D.