Předmět Cvičení z proteomiky (LRR / CVPRO)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu LRR / CVPRO - Cvičení z proteomiky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1. Extrakce rozpustné frakce proteinů z biologického materiálu. 1D nebo 2D elektroforéza. Barvení gelu Commassi Briliant Blue.2. Izolace proteinových spotů z gelu. Štěpení vybraných proteinů pomocí trypsinu popřípadě i jiných enzymů (např. chymotrypsin) v gelu ("In-gel digestion"). Extrakce naštípaných peptidů z gelu.3. Příprava extraktů pro analýzu LC-MS. LC-MS analýza extrahovaných peptidů, zpracování MS dat pomocí softwaru Mascot Distiller a identifikace proteinu pomocí veřejně přístupné datatáze MASCOT.

Získané způsobilosti

Po absolvování kurzu by student měl být schopen:- aplikovat použití základních proteomických metod v analýze proteinů- analyzovat získané výsledky (identifikace proteinů, určení molekulové hmotnosti, studium post-translačních modifikací proteinů a další)- zpracovat protokolu o provedené práci a diskutovat získané výsledky

Literatura

Keough T., Youngquist R. S., Lacey M. P. A method for high-sensitivity peptide sequencing using postsource decay matrix-assisted laser desorption ionization mass spektrometry. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 7131-7136, 1999. Pingoud A., Urbanke C., Hoggett J., Jeltsch A. Biochemical methods: A concise guide for students and researchers. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim, Germany, 2002. Keough T., Lacey M. P., Youngquist R. S. Derivatization procedures to facilitate de novo sequencing of lysine-terminated tryptic peptides using postsource decay matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry, Rapid Communication. Mass Spectrom. 14, 2348-2356, 2000. Marekov L. N., Steinert P. M. Charge derivatization by 4-sulfophenyl isothiocyanate enhances peptide sequencing by post-source decay matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. J. Mass Spectrom. 38, 373-377, 2003. Wang D., Kalb S. R., Cotter R. J. Improved procedures for N-terminal sulfonation of peptides for matrix-assisted laser desorption/ionization post-source decay peptide sequencing, Rapid Communication. Mass Spectrom. 18, 96-102, 2004. Winter M., Sherman N. E. Protein sequencing and identification using tandem mass spectrometry. John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA, 2000. ISBN 0471322490.Westermeier, R., Naven, T. Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis. Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2002. ISBN 3-527-30354-5.

Požadavky

100% účast, dokončení experimentů

Garant

Mgr. René Lenobel, Ph.D.

Vyučující

Mgr. Ivo Chamrád, Ph.D.Mgr. René Lenobel, Ph.D.Mgr. Radim Simerský, Ph.D.Mgr. Lucie Švehlová