Předmět Genomika rostlin (LRR / GENR)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu LRR / GENR - Genomika rostlin, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Obsah
Předmět studia genomiky. Obsah genomových projektů. Sekvenování genomů prokaryot. Sekvenování genomů eukaryot - Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum, Homo sapiens. Databáze sekvencí DNA. Genetické mapování. Mapovací populace. Molekulární markery, jejich typy a příprava. Strategie mapování. Genetické mapy, jejich konstrukce. Knihovny DNA, jejich typy a konstrukce. Fyzické mapování. Metody používané při fyzickém mapování, "fingerprinting". Integrace fyzických a genetických map. Poziční klonování genů, "chromosome walking". Strategie sekvenování DNA ("shotgun", "clone-by-clone", redukční strategie). Anotace sekvencí DNA. Funkční anotace a zařazování genů do rodin. Polymorfismus DNA. SNPs ("single nucleotide polymorphisms") a jejich využití pro "genotyping". Komparativní genomika. Genová exprese a transkriptom. Knihovny cDNA, ESTs ("expressed sequence tags"), DNA arrays a DNA čipy, jejich příprava a využití. Určování funkce genů. Metody funkční genomiky - saturační přímá genetika, vysoko-kapacitní reverzní genetika.
Získané způsobilosti
Po absolvování kurzu by student měl být schopen:- vyvsětlit náplň genomových projektů- vysvětlit postup konstrukce genetických a fyzických map, včetně jejich využití pro poziční klonování genů- vyjmenovat možné postupy celogenomového sekvenování, včetně využití sekvenačních technologií nové generace - popsat metody detekce a analýzy jednonukleotidových polymorfismů- popsat metody analýzy exprese na celogenomové úrovni- definovat obecné postupy funkční genomiky- vysvětlit postup konstrukce knihovny dlouhých inzertů a metod skríningu takovéto knihovny
Literatura
Gibson, G., Muse, V.S. A Primer of Genome Science. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, 2004. Cullis, C.A. Plant Genomics and Proteomics. John Wiley and Sons. Inc., New York, 2004. Meksem, K., Kahl, G. The Handbook of Plant Genome Mapping. Weinheim, 2005.
Požadavky
ústní zkouška, v rozsahu probírané látky
Garant
prof. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc.
Vyučující
prof. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc.Ing. Hana Šimková, CSc.