Předmět Proteomika (LRR / PGSB7)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu LRR / PGSB7 - Proteomika, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

Úvod do proteomiky. Základní pojmy z oblasti separace proteinů (elektroforéza, chromatografie), hmotnostní spektrometrie, zpracování obrazu ("imaging"), využívání genových a proteinových databází. Význam expresní, diferenční a funkční proteomiky. Technologie proteomiky, aplikace. Identifikace a charakterizace proteinů v proteomice. Částečná separace proteinových směsí (konvenční chromatografie, afinitní chromatografie, preparativní elektroforéza). Jednorozměrná (1-D) elektroforéza - SDS/PAGE. Dvojrozměrná (2-D) elektroforéza. Příprava vzorku. První dimenze - isoelektrická fokusace (IEF). Amfolyty, trubičkové IEF gely. Proužky s imobilizovaným pH gradientem ("IPG strips"). Metodika a instrumentace IEF separace. Barvení IPG stripů. Druhá dimenze -SDS/PAGE. Složení pufrů. Příprava gelů. Instrumentace SDS/PAGE separace (horizontální a vertikální aparatury). Barvení proteinů v SDS/PAGE gelech, kompatibilita barvení a hmotnostní spektrometrie. Fluorescenční barvení gelů. Analýza obrazu, denzitometr, software pro vyhodnocení 2-D gelů. Srovnávání dvou a více 2-D gelů, diference. Vyřezávání (excize) proteinových spotů. Elektroeluce. Chemické a enzymové štěpení proteinů v gelu. Štěpení v roztoku. Obecné principy hmotnostní spektrometrie. Ionizační techniky využívané v proteomice. Ionizace elektrosprejem (ESI), ionizace s účastí matrice (MALDI). Iontové analyzátory, kvadrupól (Q), iontová past (IT), analyzátor doby letu (TOF), reflektron. Tandemová hmotnostní spektrometrie (MS/MS) a její instrumentace. Technika MALDI-TOF post source decay (PSD). Peptidové mapování (peptide mass fingerprinting), sekvenční analýza peptidů (de novo sequencing). Identifikace proteinů vyhledáváním v databázích. Vyhledávací programy Mascot, Sequest a Protein Prospector. Organismy s nesekvenovaným genomem, EST databáze, program MS Blast. Multidimenzionální LC-MS/MS. Afinitní chromatografie a LCMS/ MS. Kvantitativní analýza v proteomice. Metody H2O18, ICAT, SILAC, AQUA. Shotgun proteomics - nástroj pro analýzu komplexních proteinových směsí. SELDI MS, klinická proteomika.

Získané způsobilosti

Znalosti a schopnosti studenta v rozsahu zkoušených témat.

Literatura

Pingoud A., Urbanke C., Hoggett J., Keltech A. Biochemical methods: A concise guide for students and researchers. Weinheim Německo, 2002. ISBN 3-527-30299-9.Marekov L. N., Steinert P. M. Charge derivatization by 4-sulfophenyl isothiocyanate enhances peptide sequencing by post-source decay matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. J. Mass Spectrom. 38, 373-377, 2003. Winter M., Sherman N. E. Protein sequencing and identification using tandem mass spectrometry. John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA, 2000. ISBN 0471322490.Westermeier, R., Naven, T. Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis. Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2002. ISBN 3-527-30354-5.Simson, R. J. (ed.). Purifying proteins for Proteomics: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2004. ISBN 0879696966.

Požadavky

Doktorská zkouška

Garant

Mgr. René Lenobel, Ph.D.

Vyučující

Mgr. René Lenobel, Ph.D.