Předmět Molekulární ekologie (ZOO / PGSMO)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu ZOO / PGSMO - Molekulární ekologie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci (UP).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Obsah

1) Úvod: molekulární techniky, klonování, PCR, fragmentační analýza, mikrosatelity, sekvenování, Next generation sequencing, pyrosekvenování, fosilní DNA.2) Molekulární identifikace: určení druhu, jedince, pohlaví, výpočet distancí, K2P, genetické chiméry, DNA barcoding, metagenomika.3) Paternita: určení rodičů, nutný počet lokusů, detekce partenogeneze a samooplození, metody, nulové alely, mutace, parental reconstruction, vzdálenější příbuznost, sestry, bratři, sestřenice, příbuzenský koeficient r.4) Inbreeding: heterozygotnost, IR, d2, mutační modely mikrosatelitů, vliv jednotlivých lokusů versus celogenomový efekt.5) Analýza populační struktury: Změny frekvencí alel, vliv driftu, mutací a migrace, Wahlundův princip, FST, GST, RST, D, G'ST, G''ST, AMOVA, Isolation by distance, model-based clustering.6) Koalescence: landscape genetics, ABC, koalescence, fylogeografie, mismatch distribution, genealogické konkordance, detekce demografických událostí, skyline plot, koalescenční teorie a její využití pro odhad populačních parametrů.7) mtDNA: vlastnosti refugií, ukazatele diversity, NCA versus testování hypotéz, koalescence a migrace, model isolation with migration, vytoužené a skutečné vlastnosti oblíbeného markeru - mtDNA, mezidruhový přenos, biparentální dědičnost, rekombinace, nukleární pseudogeny, konstantní mutační rychlost, surfing, introgrese při invazi.8) Hybridizace: Ring species, gynogeneze, hybridogeneze, introgresivní hybridizace, asymetrická hybridizace, hybridní roje, cytonukleární nerovnováha, hybridní zóny, Bounded hybrid superiority model, tenzní zóny, analýza klinálních hybridních zón.9) Selekce: sledování kandidátních genů, evidence pozitivní selekce, Ka/Ks a jiné testy, selekce a koalescence, MHC, reprodukční proteiny, detekce selekce na úrovni genomů, příklady recentních selekčních událostí, sledování exprese pomocí Real Time PCR, microarrays a next generation sequencing, proteomické přístupy.

Literatura

Beebee, J. C., Rowe, G. An Introduction to Molecular Ecology (2nd edition). Oxford University Press, 2008. Freeland, K., Peterson S. D., Kirk., H. Molecular Ecology (2nd Edition). 2011. Avise, J. C. Molecular Markers, Natural History, and Evolution (2nd Edition). Sinauer Associates, Inc., Sunderland, 2004. Avise J. C. Phylogeography: The History and Formation of Species. Harvard University Press, 2000.

Garant

prof. Ing. Stanislav Bureš, CSc.

Vyučující

prof. Ing. Stanislav Bureš, CSc.