Předmět Algoritmy pro bioinformatiku (ABI)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu ABI - Algoritmy pro bioinformatiku, Vysoká škola báňská - Technická univerzita Ostrava (VŠB-TU).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Absolvent předmětu získá následující znalosti a dovednosti: teoretické základy bioinformatiky, implementace a aplikace vybraných metod pro analýzu DNA, RNA a proteinů. vizualizace dat.

Osnova

Přednášky:1) Úvod do molekulární biologie2) Podobnost sekvencí3) Suffixové stromy4) Vyhledávání v databázích5) Alignment6) Algoritmus Needleman-Wunsch7) Dynamické programování8) Predikce sekundární struktury RNA 9) Predikce genů10) Evoluční stromy11) Sekvenování DNA12) Populační genetikaCvičení na počítačové učebně:1) Procvičení základních pojmů ze stringologie2) Procvičení algoritmů pro výpočet podobnosti sekvencí3) Algoritmy pro konstrukci suffixové stromy4) Informace o základních biologických databázích, ukázka použití5) Procvičení algoritmů pro výpočet Alignmentu6) Algoritmus Needleman-Wunsch7) Příklady využití dynamického programování8) Algoritmy pro predikci sekundární struktury RNA 9) Procvičení pojmů potřebných pro predikci genů. 10) Procvičení algoritmů pro tvorbu evolučních stromů11) Procvičení pojmů potřebných pro sekvenování DNA12) Procvičení pojmů potřebných pro populační genetiku

Literatura

Wing-Kin Sung. Algorithms in Bioinformatics: A Practical Introduction. Chapman & Hall/CRC Mathematical & ComputationalBiology. 2009Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2014.Fatima Cvrčková. Úvod do praktické bioinformatiky. 1. vyd. Praha: Academia, 2006.Pierre Baldi;G. Wesley Hatfield. DNA Microarrays and Gene Expression: From Experiments to Data Analysis and Modeling.Cambridge University Press 2002.

Požadavky

Žádné

Garant

prof. RNDr. Václav Snášel, CSc.

Vyučující

prof. RNDr. Václav Snášel, CSc.