Předmět Počítačové zpracování chemických struktur (N143008)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N143008 - Počítačové zpracování chemických struktur, Fakulta chemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Úvod to problematiky počítačového zpracování chemických struktur. Formáty a programy pro přípravu chemických vzorců pro účely tisku, webové prezentace a databázového zpracování. Chemické struktury - přehled kódování a ukládání. 2. Úvod to teorie grafů - základní pojmy a úvod do problematiky 3. Typy grafů, typické úlohy v teorii grafů. Algoritmy v teorii grafů - teorie + vlastní implementace základů. 4. Cykly, úlohy v teorii grafů - oblast chemie. 5. Linearizované formáty pro popis topologie molekul - SMILES, InChI, InChIKey. 6. Přenositelné formáty pro popis chemických struktur - rodina CTFile, CML. Stereochemie 7. SMARTS. Zpracování chemických struktur pomocí knihovny OpenBabel a Pybel 8. Topologické indexy 9. Porovnávání chemických struktur - shodné struktury, substruktury, podobné struktury. Kvantitavní vyjádření podobnosti 10. Chemické reakce 11. Zpracování chemických struktur - knihovny CDK, MarvinBeans 12. Chemické databáze - automatizovaný přístup
Literatura
Z: Leach, A. R.; Gillet, V. J., Introduction to Chemoinformatics. Springer: Dordrecht, NLD, 2007, 9781402062919. elektronicky: http://site.ebrary.com/lib/vscht/docDetail.action?docID=10230506.d: Chemoinformatics : a textbook. Gasteiger, J.; Engel, T., Eds. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA: Weinheim, 2004, 9783527601646, DOI:10.1002/3527601643. elektronicky: http://dx.doi.org/10.1002/3527601643.d: Li, F., Developing Chemical Information Systems. John Wiley & Sons, Inc.: 2006, 9780470068793, DOI:10.1002/9780470068793.ch1. http://dx.doi.org/10.1002/9780470068793.ch1.d: Encyclopedia of Computational Chemistry. John Wiley & Sons Ltd.: 2002, 9780470845011, DOI:10.1002/047084501. http://dx.doi.org/10.1002/0470845015.
Garant
Jirát Jiří Ing. Ph.D.