Předmět Základy bioinformatiky (N143030)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N143030 - Základy bioinformatiky, Fakulta chemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Genomika, mapování a sekvenování genomu, projekt lidského genomu2. Párové zarovnávání sekvencí - homologie a podobnost, základní principy zarovnávání3. Párové zarovnávání sekvencí - skórování, substituční matice PAM a BLOSUM, bodový graf4. Prohledávání sekvenčních databází, BLAST5. Násobné zarovnávání sekvencí - skórování a konstrukce6. Pozičně specifické substituční matice, profily a skryté Markovovy modely, PSI-BLAST7. Molekulární fylogenetická analýza - molekulární evoluce, fylogenetické stromy, evoluční modely8. Molekulární fylogenetická analýza - metody konstrukce fylogenetických stromů, vyhodnocování kvality fylogenetických stromů9. Detekce genů v eukaryotech a prokaryotech, predikce intronů a exonů10. DNA čipy, analýza genové exprese11. Struktury biomakromolekul - Protein Databank, klasifikace proteinových struktur - SCOP a CATH12. Predikce sekundární struktury proteinů ze sekvence13. Predikce terciární struktury proteinů - homologní modelování, threading, ab initio predikce, CASP14. Struktura RNA a její predikce
Literatura
Z:F. Cvrčková, Úvod do praktické bioinformatiky, Academia Praha 2006, ISBN 8020013601Z:J. Xiong, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press 2006, ISBN 0521600820D:J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies, For Dummies 2006, ISBN 0470089857D:M. Zvelebil, J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007, ISBN 0815340249
Garant
Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D.Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D.