Předmět Genomika: algoritmy a analýza (N143046)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N143046 - Genomika: algoritmy a analýza, Fakulta chemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Úvod do genomiky a sekvenování: Historický přehled. Základní pojmy.2. Sekvenační techniky: Sanger metoda. NGS - Illumina, SOLID, 454 a další. Popis základních aplikací. Porovnání jednotlivých technik.3. Sekvenační data: Vizualizace - EnsEMBL, UCSC Browser, Artemis, ACT, Mummer, Circos. Base-calling a kontrola kvality sekvencí. Datové formáty.4. Skládání DNA sekvencí (I): Mapování sekvencí na referenční genom. De novo skládání dlouhých sekvencí - newbler, mira. De novo skládání krátkých sekvencí (De Bruijn) - WGS, velvet, soap2, AbySS.5. Skládání DNA sekvencí (II): Sekvenační projekty, sekvenace plnodélkové cDNA, tvorba scaffoldu. Software - Staden, AMOS, Consed.6. Anotace genomu: Predikce genových modelů. Identifikace nekodující RNA. Identifikace proteinových domén. Funkční anotace. Databázové zdroje. Anotační systémy.7. Detekce sekvenčních variant: identifikace SNP, indel, translokace, inverze, CNV.8. Analýza interakce protein - nukleová kyselina: ChIP-seq - interakce protein s DNA. CLIP-seq - interakce protein s RNA.9. Diferenční exprese (I): RNA-seq. Mapování sekvencí. Měření genové exprese. Normalizace, sumarizace a diferenční exprese. Identifikace transkripčních variant - alternativní sestřih. Experimentální design.10. Diferenční exprese (II): Expresní profilování mikro RNA. Identifikace nových mikro RNA.11. Epigenomika: Analýza celogenomových methylačních map.12. Metagenomika: anotace genů a rekonstrukce metabolismu - MG-RAST. Amplikonové sekvenování (16S rDNA) a analýza taxonomických jednotek.13. Komparativní genomika: Mezidruhové porovnání genomů.14. Genomické projekty a WWW software: ENCODE. Paleogenomika. Sekvenační projekty. WWW nástroje - Galaxy, GMOD, Gbrowser, BioCycle, RAST, EnsEMBL API. Personalizovaná medicína.
Literatura
Z: Bergman N. H. (Ed.), Comparative Genomics (Volume 1 and Volume 2), Humana Press Inc. 2007, ISBN: 978-158829-693-1, 978-193411-537-4Z: Rodriguez-Ezpeleta N., Hackenberg M., Aransay A. M. (Eds.), Bioinformatics for High Throughput Sequencing, Springer Science 2012, ISBN: 978-1-4614-0781-2D: Janitz M. (Ed.), Next-Generation Genome Sequencing: Towards Personalized Medicine, Wiley-VCH 2008, 978-3-527-32090-5D: Brown S. M. (Ed.), Next-Generation DNA Sequencing Informatics, Cold Spring Harbor Laboratory Press 2012, ISBN: 978-1-936113-87-3
Garant
Strnad Hynek Ing. Ph.D.Pačes Jan Mgr. Ph.D.