Předmět Analýza genové exprese (N143049)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N143049 - Analýza genové exprese, Fakulta chemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Sylabus

1. Úvod. Druhy funkčně genetických dat. Cíle analýz.2. Předzpracování RT-qPCR dat: Design primerů a prób. Standardní křivka.3. Předzpracování RT-qPCR dat: Amplifikační křivka. Prahový cyklus. Korekce pozadí. Normalizace dat.4. Předzpracování dat z transkripčních čipů: Odstranění šumu na pozadí. Normalizace dat. Relativní a absolutní kvantifikace.5. Předzpracování dat z transkripčních čipů: Stabilizace rozptylu. Sumarizace intenzitních hodnot.6. Vysoce výkonné sekvenování: Čtení. Mapování čtení. Četnosti čtení.7. Další aplikace diskutovaných metodik: analýza jednonukleotidových polymorfismů a chromosomálních aberací (SNP, CNV, LOH). Metylace DNA.8. Explorativní analýza: Redukce dimenzionality. Shlukování. Kontrolní body.9. Lineární modely. Problém mnohonásobnosti testů.10. Klasifikační metody.11. Design experimentu a využití randomizace. Replikace.12. Anotace a archivace výsledků: Genomové prohlížeče a databáze expresních dat.13. Biologická interpretace: Analýza nabohacení v genových skupinách (GSEA). Databáze signálních drah. Genové ontologie.14. Integrace s interakčními daty: Síťové analýzy. Databáze interakčních dat.

Literatura

Z: Zvárová J, Mazura I (eds.), Metody molekulární biologie a bioinformatiky, Karolinum, Praha 2013, ISBN: 978-8024621500D: Tevfik Dorak, M. (ed.), Real-time PCR (Advanced Methods), Taylor & Francis 2006, ISBN: 978-0415377348D: Gentleman R, Carey V, Huber W, Irizarry R, Dudoit S (eds.), Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor, Springer 2005, ISBN: 978-0387251462

Garant

Kolář Michal Mgr. Ph.D.Strnad Hynek Ing. Ph.D.