Předmět Molekulární informatika (N143052)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N143052 - Molekulární informatika, Fakulta chemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Co je molekulární informatika, základní koncepty. Molekulární informatika, chemoinformatika a počítačový návrh léčiv. Vztah mezi molekulární informatikou, chemoinformatikou a bioinformatikou, jejich synergie a rozdíly.2. Reprezentace a manipulace s dvourozměrnými molekulárními strukturami. Lineární notace zápisu chemických struktur (SMILES, InChI, InChIKey). Přenositelné formáty pro popis chemických struktur (SDF, rodina CTFile).3. Strukturní a podstrukturní vyhledávání, praktické aspekty strukturního prohledávání.4. Molekulové deskriptory vypočtené z 2D a 3D reprezentace molekuly.5. Molekulové podobnostní metody - podobnost založená na 2D otiscích, podobnostní koeficienty, 3D podobnost.6. Klasifikace a výběr sloučenin. Kombinatorická chemie a návrh chemických knihoven - diverzní a fokusované knihovny, multi-objektivní návrh.7. Virtuální screening. Farmakofory - metody jejich získávání a jejich použití ve virtuálním screeningu.8. Prediktivní QSAR (vztah mezi strukturou aktivitou) modelování - obecný postup a příprava dat.9. Prediktivní QSAR modelování - vývoj a validace QSAR modelů.10. Analýza dat z testování s vysokou propustností.11. Predikce farmakokinetických(ADME/Tox) vlastností.12. Počítačem řízený návrh molekul - inverzní a de novo návrh.13. Chemoinformatický software a databázové technologie.14. Integrované chemo- a bioinformatické přístupy ve virtuálním screeningu a počítačovém návrhu léčiv.
Literatura
Z: Leach A. R., An Introduction to Chemoinformatics, Springer, 2007, ISBN 1402062907Z: Bunin B. A., Siesel B., Morales G., Bajorath J., Chemoinformatics: Theory, Practice, & Products, Springer, 2010, ISBN 9048172500
Garant
Svozil Daniel doc. Mgr. Ph.D.