Předmět Strukturní bioinformatika (N320086)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N320086 - Strukturní bioinformatika, Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. Struktura proteinů a dalších biomolekul, zápis struktury2. Práce s programy v prostředí UNIX, secure shell3. Predikce struktur proteinů - homologní modelování4. Predikce struktur proteinů - složitější příklady5. Protein-ligand docking6. Virtuální screening ligandů7. Protein-protein docking8. Simulace molekulové dynamiky proteinů9. Silová pole - nestandardní záležitosti10. Simulace molekulové dynamiky nukleových kyselin a sacharidů11. Urychlování - metadynamika12. Urychlování - paralelní temperování13. Simulace sbalování proteinů14. Ostatní metody používané ve strukturní bioinformatice
Literatura
Z:Eswar N., Eramian D., Webb B., Shen M.Y., Sali A.: Protein structure modeling with MODELLER. Methods Mol. Biol. 426, 145-159, 2008 (http://salilab.org/pdf/Eswar_MethodsMolBiol_2008.pdf, 8.11.2012, ISSN: 1064-3745)Z:Yuriev E., Agostino M., Ramsland P.A.: Challenges and advances in computational docking: 2009 in review. J. Mol. Recognit. 24, 149-164 (2011), ISSN: 1099-1352.Z:Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. GROMACS user manual, Version 4.5.4. The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, Sweden (http://www.gromacs.org/@api/deki/files/152/=manual-4.5.4.pdf, 8.1.2012, bez ISBN)
Garant
Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D.