Předmět Molekulové modelování (N320095)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu N320095 - Molekulové modelování, Fakulta potravinářské a biochemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (VŠCHT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Sylabus
1. 3D geometrie, kartézské souřadnice, Z-matice, konektivita, PDB soubor2. Inspekce 3D modelu, vazebné délky, úhly, torzní úhly, rendering3. Vztah struktura-potenciální energie, různé úrovně výpočtu, hyperplocha potenciální energie4. Molekulová mechanika, kuličkový model, single point výpočet5. Schrödingerova rovnice, vlnová funkce, aproximativní řešení, metody (též semiempirika), variační metoda, báze6. Výpočty vlastností (náboje, reakční kinetiky a mechanismy, spektrální a chiroptické vlastnosti)7. Geometrická optimalizace, problém lokálních minim8. Molekulární vibrace, normální módy9. Solvatace, implicitní a explicitní rozpouštědlo, elektrostatika kontinua10. Molekulová dynamika, PBC, NPT, NVT, termostaty, constraints11. Snímkování, sběr dat, zpracování a vizualizace dat12. Simulace na různých škálách (coarse graining, brownovské simulace)13. Volná energie, metadynamika a ostatní metody,14. Ukázková studie
Literatura
Z: D.C. Young: Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. John Wiley & Sons, Inc., 2002, ISBN: 9780471333685 (tištěná), 9780471220657 (online)
Garant
Spiwok Vojtěch doc. Ing. Ph.D.Raich Ivan doc. Dr. Ing.Lankaš Filip Ing. Ph.D.