Předmět Základy proteomiky (FCH-MCO_ZP)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu FCH-MCO_ZP - Základy proteomiky, Fakulta chemická, Vysoké učení technické v Brně (VUT).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Cílem přednášky je studenty seznámit s náplní a aplikační oblastí vědního oboru proteomika - tj. komplexní analýza proteinového složení vzorku a jeho změn v průběhu např. technologie, manipulace, patologického procesu, terapie. Dalším cílem je uvést přehled základních proteomických přístupů a instrumentace včetně vyhodnocení výsledků a jejich interpretace.

Osnova

Osnova výuky je uvedena dle týdenního členění (1 týden časová rezerva):lekce 01 (týden 1)- Proteomika jako vědní disciplína a její náplň, základní pojmy, definice proteomu, vztah mezi genomikou a proteomikou.lekce 02 (týden 2) – Základní proteomické přístupy. Differenční, strukturní a funkční proteomikalekce 03-04 (týden 3-4) – Přehled metod a instrumentace v používaných proteomice, strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k~požadovanému výsledku experimentu)., separace a frakcionace komplexních proteinových směsí, metody charakterizace proteinů (zejména hmotnostní spektrometrie, proteinové čipy, WB aj.)lekce 05-06 (týden 5-6)- Základní metody identifikace proteinů pomocí MS - základní přístupy (bottom-up, top-down), Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing)lekce 07 (týden 7) - Charakterizace modifikací proteinů - Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Speciální frakcionační postupy, analýza vybraných druhů PTM (fosforylace, acetylace, ubikvitinace, glykosylacelekce 08 (týden 8) - Kvantifikace v proteomice - Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ), cílená proteomika (MRM a SWATH metody.lekce 09 (týden 9) – Bioinfornmatické vyhodnocení dat - Mw, pI, primární struktura, domény, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, práce s proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem).lekce 10 (týden 10) - Praktické příklady aplikace proteomických přístupů – úloha proteomiky v základním výzkumu, diagnostika chorob, identifikace patogenů, biotechnologické aplikace.lekce 11 (týden 11) - Praktická ukázka proteomické laboratoře – ukázka vybavení pro přípravu proteinových vzorků i instrumentace pro vlastní charakterizaci.lekce 12 (týden 12) – Závěrečné shrnutí, diskuze se studenty o vybraných proteomických aplikacích.

Literatura

Proteome Research: Mass Spectrometry, Ed. P. James, Springer, 2000, ISBN 3-540-67256-7 (EN)

Požadavky

Není specifikováno.

Garant

doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, CSc.

Vyučující

doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, CSc.