Předmět Praktika z bioinformatiky (FEKT-APBI)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu FEKT-APBI - Praktika z bioinformatiky, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, Vysoké učení technické v Brně (VUT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Cílem předmětu je studenty naučit vyhledávat data v základních genomických a proteomických databázích jako je GenBank a Uniprot, získaná data analyzovat volně dostupnými nástroji pro základní bioinformatické analýzy a také naprogramovat některé základní bioinformatické algoritmy.
Osnova
1. Vyhledávání sekvencí v databázích.2. Vyhledávání kódujících úseků v DNA sekvencích a zarovnávání sekvencí.3. Vícenásobné zarovnávání sekvencí.4. Predikce sekundární struktury RNA sekvencí.5. Predikce proteinových struktur.6. Numerické reprezentace.7. Diskrétní Fourierova transformace pro DNA a proteinové sekvence.8. Spektrogramy pro DNA a proteinové sekvence.9. Numerické reprezentace pomocí EIIP hodnot a jejich spektrogramy.10. Konstrukce fylogenetickcýh stromů.
Literatura
Cvrčková F: Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006 (CS)Koonin E. V., Galperin M. Y. (2003) Sequence - Evolution - Function: Comparative approaches in comparative genomics. Kluwer Acad. Press. (EN)Gusfield D. (1997) Algorithms on strings, trees, and sequences. Cambridge Univ. Press. (EN)
Požadavky
Student by měl mít znalosti ekvivalentní absolvování předmětu ABIN. Student musí být schopen základní práce s programovým prostředí Matlab či jiným programovacím jazykem. Student musí znát základní molekulárně-biologické vlastnosti nukleotidových a proteinových sekvencí, teoretické principy globálního a lokálního zarovnávání a predikce sekundární struktury proteinů.
Garant
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.
Vyučující
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.