Předmět Programování v bioinformatice (FEKT-FPRG)
Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu FEKT-FPRG - Programování v bioinformatice, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, Vysoké učení technické v Brně (VUT).
Top 10 materiálů tohoto předmětu
Materiály tohoto předmětu
| Materiál | Typ | Datum | Počet stažení |
|---|
Další informace
Cíl
Cílem předmětu je seznámení a osvojení základních algoritmů pro analýzu sekvencí DNA a proteinů a jejich podrobný rozbor. Studenti jsou vedeni k samostatnému programování probíraných algoritmů v programovacím prostředí Matlab.
Osnova
1-2. Základy algoritmizace úloh (rekurzivní a iterační algoritmy, náročnost algoritmů, různé typy algoritmů a jejich využití v bioinformatice).3-5. Algoritmy pro vyhledávání (Exhaustive Search – restrikční mapování, vyhledávání motivů, Greedyho algoritmus – analýza genetických změn pomocí reverzí a tříděním metodou Breakpoints).6-8. Dynamické programování (obecný popis metody, globální zarovnávání, lokální zarovnávání, optimální cesta, aplikace).9-12. Shluková analýza a skryté Markovovy modely pro analýzu genomických dat (základní principy, aplikace).
Literatura
Jones N.C., Pevzner P.A: An Introduction to Bioinformatics Algorithms. The MIT Press, 2004 (EN)Moorhouse M, Barry P: Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice. Wiley; 1 edition, 2004. (EN)Chao K.-M., Zhang L.: Sequence Comparison. Springer-Verlag, 2009 (EN)Zaplatílek K, Doňar B: Matlab tvorba uživatelských aplikací, Technická literatura BEN, Praha 2004 (CS)
Požadavky
Jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia.
Garant
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.
Vyučující
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.Ing. Denisa MaděránkováMgr. Ing. Karel Sedlář