Předmět Pokročilá bioinformatika (FIT-PBI)

Na serveru studentino.cz naleznete nejrůznější studijní materiály: zápisky z přednášek nebo cvičení, vzorové testy, seminární práce, domácí úkoly a další z předmětu FIT-PBI - Pokročilá bioinformatika, Fakulta informačních technologií, Vysoké učení technické v Brně (VUT).

Materiál	Typ	Datum	Počet stažení

Cíl

Navázat na předmět BFI - Bioinformatika. Seznámit studenty s vybranými, rychle se rozvíjejícími, či jinak zajímavými oblastmi bioinformatiky, vytvořit prostor pro vytvoření bioinformatického nástroje využívajícího probrané principy.

Osnova

Osnova přednášek:Úvod, přehled problematiky Různorodost molekulárních a odvozených dat Genomy a vybrané způsoby analýzy genomových dat UniProt a vybrané způsoby analýzy proteinových sekvenčních dat Statisticko-informační a lingvistický pohled na bioinformatická data Implementace algoritmů pro analýzu biologických sekvencí PDB a vybrané způsoby analýzy strukturních dat Gene Ontology a vybrané způsoby analýzy funkčních dat Integrace dat z více zdrojů v genomice a proteomice Nástroje a knihovny pro vývoj softwaru (Biopython) Nástroje a knihovny pro vizualizaci (PyMol) Bioinformatika a nanotechnologie: Mol. výpočty, sekvenace hybridizací Další aktuální trendyOsnova počítačových cvičení:Analýza biologických sekvencí Genome Browser, Biomart Biopython a PyMol R/Bioconductor Tvorba integrovaného výpočetního nástrojeOsnova ostatní - projekty, práce:Návrh a vytvoření integrovaného výpočetního nástroje pro bioinformatiku a jeho demonstrace formou mini-konference.

Literatura

Jones N.C., Pevzner P.: An introduction to algorithms in bioinformatics. MIT Press, 2004, ISBN 978-0262101066 Zvelebil M., Baum J.: Understanding bioinformatics. Garland Science, London, 2007 ISBN 978-0815340249 UniProt URL: http://www.expasy.uniprot.org/ Gene Ontology URL: http://www.geneontology.org Protein Data Bank URL: http://www.pdb.org/

Požadavky

Nejsou žádné prerekvizity.

Garant

Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Vyučující

Ing. Matej Lexa, Ph.D.