1. ZT - aminokyseliny

Biochemie – 1. zápočtový test – Aminokyseliny

• 20 kódovaných/proteinogenních aminokyselin

• na alfa uhlíku mají všechny (kromě Gly) chirální centrum – existují ve formě dvou enatiomerů – přírodní jsou všechny (existuje jen pár výjimek – murein) v L formě

• používají se triviální názvy, třípísmenné zkratky nebo jednopísmenné zkratky

Existují další tři aminokyseliny zařazované do proteinogenních – selenocystein (v lidském enzymu glutathionperoxidase a v některých bakteriích), pyrolysin (u prokaryot) a N-formylmethionin (iniciace translace u bakterií, mitochondrií a chloroplastů, první aminokyselinou při tvorbě proteinu).

• Rozdělení aminokyselin podle postranních řetězců:

  • Nepolární/hydrofobní – alanin, valin, leucin, isoleucin, methionin, tryptofan, fenylalanin, prolin

  • Polární

    • Nenabité – serin, tyrosin, threonin, asparagin, glutamin, glycin, cystein

    • Nabité

      • S kladně nabitým nábojem – lysin, arginin, histidin

      • Se záporně nabitým nábojem – aspartát, glutamát

• Rozdělení podle funkční skupiny v postranním řetězci:

  • Alifatické

  • Aromatické

  • Hydroxylové

  • Sulfhydrylové/sirné

  • Karboxylové/kyselé

  • Bazické

• Jednotlivé aminokyseliny můžou být pospojovány PEPTIDOVOU vazbou – nazýváme je pak PEPTIDY

  • Oligopeptidy – do deseti aminokyselin (2 AMK = dipeptid, tripeptid atd.)

  • Polypeptidy – deset až sto aminokyselin

  • Proteiny – sto a více aminokyselin

• Peptidy pojmenováváme od N-konce a aminokyselinové zbytky mají dané názvosloví

  • Zaměním pouze koncovku -in za -yl (např. valin – valyl, serin – seryl)

  • Výjimky v názvosloví:

    • Asp – aspartyl

    • Asn – asparaginyl

    • Glu – glutamyl

    • Gln – glutaminyl

    • Cys – cysteinyl

    • Trp – tryptofanyl

• Nábojové vlastnosti aminokyselin

  • Volný náboj – celkový náboj aminokyseliny v daném pH – na škále pH se postupně mění od kladného k zápornému (v závislosti na daných funkčních skupinách AMK/proteinu)

  • Celkový náboj AMK = součet všech nábojů bez ohledu na jejich znaménka

  • Disociovatelné skupiny aminokyselin – karboxylové (alfa, beta, gama), aminoskupiny (alfa, epsilon), imidazolová, thiolová, fenolová, guanidinová